Il s’agit d’un instrument alchimique représenté par un vase scellé et caché dans lequel on traite par le feu une « materia prima » en vue de sa transformation en or à l’aide de la « pierre philosophale ». Il est souvent représenté par un creuset qui est une matrice en forme d’œuf (l’œuf du monde) et contenant un bouillonnement de liquide. Il est la forme non manifestée de l’Esprit et se construit par la géométrie sacrée. Il contient un espace de création, un milieu de transmutation où se perpétue l’Oeuvre et où s’accomplit l’éternité. Voilà donc l’instrument du Grand Œuvre, ce qui est sur le fourneau philosophique, indispensable à la maturation de l’Oeuvre, l’univers des causes qu’il faut découvrir. Le secret par nature, d’origine principielle, s’y accomplit. C’est le secret des secrets que l’initié doit apprendre à connaître. C’est pourquoi il doit être scellé hermétiquement, pour que ne s’en exhale aucun esprit.

         L’alchimie, prise à la lettre, a abusé nombre de chercheurs en quête de profits et qui tentaient de transmuter du vil plomb en or sur un plan matériel.

         Il faut distinguer l’Athanor du Temple quasiment incompatible avec ce qui est humain, et l’Athanor communautaire qu’il faut pratiquer quotidiennement. Le premier correspond à la crypte, cette brèche entre les mondes. Son foyer est la tombe du Maître. Le feu principiel y rugit perpétuellement et s’autorégule, que le temple soit habité ou non. On ne peut qu’y passer, jamais y séjourner. On y plonge le néophyte, ou un frère avant chaque moment de passage, pour permettre un retour à l’indifférencié, un contact avec l’incréé. L’être est placé dans le secret dans un moment exceptionnel de voie brève. La Chambre du Milieu a pour tâche de s’y connecter pour accomplir le phénomène initiatique dans le temple couvert.

         Alors, le temple couvert devient Athanor communautaire dès l’ouverture rituelle des travaux. Ce lieu d’énergie et de gestation permet concrètement à toute la confrérie de se métamorphoser selon la voie longue. Il se nourrit de tous les frères qui y entrent. L’initié y est à la fois materia prima et opérateur, du moins pour les Maîtres. Il participe plus ou moins consciemment au feu secret. Le tableau de loge est le cœur de l’Athanor. Il prend la forme du sarcophage (qui dévore la chair) au troisième degré. Il transforme alors toute substance mortelle en substance immortelle, qui est l’énergie du Principe. Cela se réalise en mariant le corps mortel à la vie engendrée par la loge. Les noces alchimiques s’y accomplissent. La Veuve s’unit à l’esprit communautaire. Le passage par la Veuve est essentiel pour rassembler ce qui est épars, à commencer par les initiés, et faire apparaître le Maître renaissant des flammes tel le Phénix. L’Athanor est bien ce qui éloigne de la mort (a = privatif, Thanatos = mort).

         Dans ce lieu, celui qui vit les petits mystères se transforme par le désir initiatique ; il se dépouille du vieil homme pour renaître à la Maîtrise. Faisant dès le début partie du Trésor de la loge pour le bien de tous, il se débarrasse de ses scories, est dégrossi puis harmonieusement taillé par la communauté avant d’être transmuté. Le contact avec le feu secret présente bien des dangers. Il peut réchauffer, transformer, purifier, transmuter, mais il peut aussi brûler, détruire, exploser à la tête de l’alchimiste inexpérimenté. Il nécessite donc une longue préparation afin de n’introduire précautionneusement dans l’Athanor que ce qui est de même nature que lui, d’où la pré-initiation dans le péristyle et la purification des métaux. Tout ce qui n’est que bassement humain y serait dévoré par les flammes ou provoquerait une explosion. Le chercheur de vérité y fond par la chaleur de l’Amour, pour que le remembrement s’accomplisse, en fonction de la pureté des éléments qui s’y trouvent, après séparation du volatil et du subtil.

         L’autel des serments est le foyer de l’Athanor communautaire, la demeure du feu mystérieux. Là jaillit le brasier que la Chambre du Milieu, rassemblant les alchimistes, doit réguler en toute connaissance. Là se conduisent les énergies. Quand on y met la main pour prêter serment, il y a transformation d’une énergie individuelle en énergie communautaire, sans retour possible. La matière s’y transforme graduellement jusqu’à l’état de phénix. La conduite du feu maintient la vie et il se nourrit des frères. Il faut chauffer doucement jusqu’à complète calcination en manipulant l’énergie spirituelle de l’univers, sans faire exploser et donc détruire la loge. C’est impossible individuellement, mais passe par la fraternité avec le feu qui n’est accessible qu’à la Chambre du Milieu.